卡罗方法。简而言之我们观察了与野生型相比每个突变体的细菌分类群的富集耗尽概况并询问每对突变体是否比偶然预期的更相似并通过随机排列评估了显着性。结果在图扩展数据图。为了在实验中定义差异丰富的菌株我们发现负二项式方法比方法给出更稳定的结果。我们使用包通过函数拟合准负二项式模型并使用函数测试显着性。所有相关成对比较的结果都在扩展数据图和补充表。
为了定义合成群落实验中强大的定殖者我们计算了
所有根样本上大肠杆菌的平均相对丰度并计算了每个菌株的丰度比同一组中大肠杆菌的平均值高了多少倍根样本。然后我们使用单边二项式检验来询问给定菌株比平均大肠杆菌丰富的概率是否显着高于抛硬币。通过食品、同类产品制造商电子邮件列表测试的菌株被标记为稳健定植菌其余菌株被标记为零星定植菌或非定植菌。结果显示在图和补充表。数据和软件可访问性该项目生成的所有数据都是公开的。来自土壤普查和定殖的原始序列可在序列读取存档中获取登录号为。来自普查和实验的计
数表元数据分类注释和代表序列分别作为补充数据集和补充数据集提供用于统计分
析和绘图的自定义脚本 B2B电话列表 可在获得。来自转录组实验的原始序列可在上获得登录号为。补充表中提供了相应的元数据信息。所有代码均可根据要求提供。去扩展数据扩展数据图包含图片插图等的外部文件。对象名称为拟南芥改变了高度特异性的细菌分类群丰度野生型突变体和大量土壤样品中细菌根微生物组的多样性。我们使用方差分析方
