抗体进行多重免疫组织化学分析。norm软件用于分析组织和细胞分割。个细胞。通过lowo软件分析转换后的矩阵文件的解卷积结果。测序和谱分析使用zol分离试剂ifeechnologies,卡尔斯巴德,加利福尼亚州,美国 )从媒介物和色瑞替尼耐药肿瘤中提取总。使用生物分析仪和gi lentpico试剂盒gilentechnologies,antalara,alifornia,)分析完整性。根据制造商的说明,使用rueq链状m样品制备试剂盒llumina,圣地亚哥,加利福尼亚州,美国)对提取的总进行处理,
以制备m测序文库。所有样品均在lluminaieq测序仪上使用双端bp读
数进行测序。原始图像数据通过碱基识别转换为序列数据并以格式存储。使用utadapt修剪和测序接头的五个独立样本的双端读数)。使用a将修剪后的读数与m小鼠参考基因组进行比对,并使用ubread包中的特征ounts功能生成基因级读数计数。通过eq软件包在基因水平确定显着差异表达的存在。分子特征数据库 中的所有基因集均通过基因集法语电子邮件列表富集分析进行分析,并针对多重假设 检验进行校正。p值阈值设置为。使用棱镜生成差异表达基因的热图。
为了分析库,进行了高深度测序。序列通过i的提取,并通过包进行
分析。全外显子组 B2B电话列表 标富集系统)用于外显子组捕获测序过程。将具有生物素化文库“”的杂交基因组样品与链霉亲和素包被的磁珠混合。洗涤珠子捕获的基因组并消化。通过下一代测序分析收集的基因组颗粒。文件由生成。文件与mm基因组参考比对,然后生成文件。提取可映射读数目标读数和插 入缺失是通过分析管道生成的。读取映射由执行。进行标记 重复过滤器icard)插入缺失重排)和碱基重新校准以进行变体检出。用于变体调用变体过滤。肝组织的马森三色和网状蛋白染色在用马森三色染色剂染色的切片中,对肝脏中的胶原染色进行单独定量。omori的网状蛋白纤维银浸渍方法是在安装在载玻片上的福尔马林固定石蜡包埋的切片上进行的。分析每组三张载玻片。使用分析成像软件记录每个切片中蓝染的比例面积,并计算五个视野的平均值以得出每个视野的胶原染色的相对值。统计分析使用aplaneier方 法